Думаю не секрет что заспамленность сайтов хорошо влияет на действие ссылок расположенных на этих сайтах. Так как с поддоменов не часто ссылаются, их много и заспамливать не стоит, думаю есть смысл по обмениваться ссылками.
Ссылки ставим на поддомены которые ведут на основные сайты.
Мой 1 из 28 поддоменов -
http://zheleznodorozhnyi.lompb.ru