1. Показатель головного сайта вас не должны волновать. Вы ведь фокусируетесь на свежесозданном сайте, не так ли?
2. .сом для регионального сайта... зачем? Купите региональный домен именно того региона, в котором находитесь. (для примера: если филиал питере, то докупите sitename.spb.ru) Уже купленное имя привяжите алиасом, и усилия по раскрутке фокусируйте на региональный домен.
3. да, копипаст - это не самое лучшее. Надо понемногу как-то напрягаться и делать страницы под ваш регион, с вашими адресами-телефонами, и т.п.
4. Поставьте с головного сайта ссылку типа "наш филиал в Питере: sitename.spb.ru", неплохо этот кусок оформить в теге Н2 или Н3. В принципе можно его и в футер запихнуть, но полагаю, что все же лучше будет одна ссылка с главной, ну и несколько ссылок в тех местах где они уместны с т.з. содержимого страниц (т.е. ставить их не столько для поисковиков, сколько для ваших живых клиентов).
5. По поводу индексации в поисковиках - вообще забудьте, где-то месяца на 3. И не морочьте этой самой индексацией голову ни себе ни руководству. Будут входящие ссылки, будут живые посетители - будет и индексация. К слову, вы ведь не забыли поставить Яндекс.метрику и Гугл.аналитикс?
6. Про прогоны, "базы трастовых сайтов" и прочие устаревшие технологии забудьте навсегда.
7. Если компания может себе позволить, то купите себе место в ЯндексКаталоге с привязкой к вашему региону (ну и сфере коммерческой деятельности, конечно). Поисковый алгоритм Яндекса это учитывает.
8. Ну и на остаток денег накупите ссылок в Сапе и ГГЛе. Можно еще статьями продвигать.
но это уже от бюджета зависит.
9. Занимаясь СЕО не забывайте про СМО. Хотя, конечно, зависит от сферы деятельности компании, но все равно о СМО забывать не стоит.